Museo Paleontológico de Villa de Leyva es un museo paleontológico en Colombia, ubicado en el municipio boyacense de Villa de Leyva. Hace parte del conjunto de museos de la Universidad Nacional de Colombia adjunto a la Facultad de Ciencias sede Bogotá.
El Museo Paleontológico de Villa de Leyva es centro de referencia académico, docente, histórico y de divulgación, mediante la exhibición de parte del patrimonio pasado y presente de Colombia, pero especialmente de la región de Villa de Leyva. Este municipio de Boyacá, constituye una de las áreas geográficas de mayor interés geológico y paleontológico del mundo con un alto contenido fósiles.
La exhibición que tiene como fin la reconstrucción geólogica y natural del territorio, busca la preservación y concientización del patrimonio, mediante la difusión y generación de conocimiento e importancia del mismo. Entre los ejemplares exhibidos se encuentran invertebrados como gasterópodos, bivalvos, equinoideos y crinoideos, además de vertebrados, donde se incluyen peces óseos y reptiles marinos encontrados en la zona.1
El Museo Paleontológico de Villa de Leyva es el primer museo de Colombia en inaugurar un jardín paleontológico interactivo dentro de sus predios aledaños. En el paleojardín, se encuentran un total de 87 especies de plantas que forman parte de la señalización del recorrido y que se pueden apreciar a través de la realidad aumentada.
Las especies encontradas crecen a nivel local, regional y nacional, muchas de ellas nativas y algunas en peligro de extinción, esta colección presentada se enmarca dentro de propósitos de educación, investigación científica y conservación.